想到的原因有以下几点：
1、源语言，免费，相关产品不用花钱，微软的产品一年会花费多少？
2、开源插件会很多，可替代性强
3、移动端火，安卓占据很大一部分
下面是我的回答：
每家公司都有背后的原因吧。就算是内部的人，可能三言两语也说不清楚。
有些公司决策可能是理性的，有些公司决策可能就是不怎么懂技术的在拍脑袋。
两者都有太多的优点和缺点。冒着被喷的风险，简单的说下吧：
C#NET的优点
1、从使用者角度来看，语言层面C#是领先Java的。C#最初设计可能借鉴了Java，可谓“青出于蓝而胜于蓝”吧。这点，C#很多的语法糖就可以说明。至于平台层面，CLR是否一定优于JVM，这个没有透彻研究，不敢轻易下结论。
2、微软拥有号称世界上最强大的IDE工具VS，编写C#非常愉快。
3、微软作为一家商用公司，一贯是比较体贴开发者。制定好各种标准和实现，版本兼容性那些也做的很好。加上2中提到的IDE强大。易用性是更加好的（至少对于初学者是这样）。同时，微软的很多技术让编程的门槛更低（例如早几年搞的拖控件，绑数据...堪称是“傻瓜式”的）。在一些小公司，或者一些要求不高的项目，这种开发技术可能比较有优势。
4、跨平台游戏引擎支持。跨平台APP开发的支持。
夸了那么多，优点就不往下展开，泼下冷水：
1、由于早年不开源，且捆绑windows紧密，所以跨平台特性被人诟病。虽然Mono崛起，并且开源了，但是很难改掉人们对微软“封闭、臃肿、不安全”的印象了。很多人对Mono也是半信半疑。世上很多事情就是这样的，也算是一种恶性循环吧。
2、开源生态确实不如Java，虽然是在努力追赶，但是很多方面还有很大差距。成熟方案和选择性相对少。很多框架和组件，是先在Java平台上出现，后来移植到.NET，更新维护都成问题。很多优秀的中间件、平台，在开发API的时候，都是优先支持Java、python这些，后支持C#（好在大部分的都还支持C#，要不然真的只能靠微软官方去造了）
3、招聘难度大。受国内这种不良风气和环境影响，高端的.NET开发确实特别的少。
4、从身边的例子和一些招聘信息来看，相同工作年限、级别的.net程序员的薪资水平应该是略低于Java的（具体的也要看公司和行业，而且人的技术水平、背景、综合能力那些不同，很难横向比较）。这点对一般的开发人员热情来讲是比较有打击性的。当然，高端的技术人员不管是哪个方向和领域，薪资都不会低的。
5、由于目前很多企业和个人对Mono和Linux.NET还是半信半疑甚至毫不知情，所以还是会捆绑在windows上。这就造成了授权费用的风险。还有就是windows自动化运维的缺点了。
（为了避免口水战，特别说明：上面说到的几点，有些是客观存在的事实，有些确实是国内的不良风气、误解等造成的恶性循环）
JAVA的优势1、问世早，跨平台，很早就占领了市场，名声已经在外了
2、开源生态好，技术方案的可选性多。良性循环
3、成功的案例多。从企业级系统，到大规模互联网系统，再到现在一直占主流。最后扯到最近几年火热的android、hadoop...可以看出java的地位了
4、由于1，2，3的优点。所以Java高端技术人员相对也会多一些
泼下冷水：
1、语言层面不如后来的C#，很多应用场合下也不如新型的go或者scala之类的
2、易用性不如C#.NET。平台入门的门槛高一些（见过一些开发人员，配置个环境变量就摸索了半天。有些被微软惯坏了的.NET开发人员，再去开发java，框架整合和一大堆的配置文件就可能弄个半死）
3、IDE不如VS好用（也和个人习惯有关，各有千秋吧）Eclipse的最大优势在于灵活、可扩展、占用资源少，而myeclipse貌似很少有人在用了，IDEA还不错，不过感觉离微软的VS还是有差距。
4、java的母公司sun被Oracle收购后，总让人感觉不太踏实。
5、别总抱怨说微软的某些体系和标准臃肿，反人类。其实JavaEE体系里也有很多不成功的设计标准（EJBJPAJSF那些使用并不广泛），只不过后来都被轻量级的开源框架取代了。
说了那么多，大概都明白要迁移的理由了。
转JAVA的理性理由 1、对Mono和.NET跨平台不太了解，捆绑在windows上面了。因此又担心IDE和服务器费用问题，又担心windows的安全性、自动化运维不方便。而Java跨平台特性早就为人所知。2、看到.NET开源生态不是很好，Java成功的案例多，开源的方案选择性更多。
3、Java的高端技术大牛好像要容易找一点，至少国内是这样的（很多大厂用Java，企业会认为Java大牛多）
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